首句“滞雨长安夜”交代时间地点和缘由，意思是说，下雨了，今夜只好滞留在长安。但诗人为什么不说“夜雨滞长安”呢？因为将“滞”字提前，不仅更能体现雨下得久，还能突出夜的漫长，好像是厚实、缠绵的雨连时间的脚步也阻碍了，迟迟不能到黎明。归心似箭，但偏偏又碰上似乎永无休止的连夜雨，给人一种无法排遣的无奈、凝重之感。也为后面的“客愁”、“归梦”蓄势。
“残灯独客愁”描写场景：一盏灯油将尽的孤灯之下，坐着一个满脸愁容的独客。“残灯”，不仅不能给人以光明、温暖的感觉，与外面无尽的雨夜相比，它反而更让人觉得凄凉、忧伤。灯已残，说明独坐已久；独坐久，说明客难眠；客难眠，说明乡愁深。“残灯独客”与前面的“滞雨夜”共同营造出一种朦胧迷离、孤寂凄清的氛围，在这样的意境下，游子很自然会想到自己的故乡。
“故乡云水地”是虚写，是故乡在云水相接的苍茫辽阔之地吗？是故乡有云重水复遥远的阻隔吗？还是故乡根本就不存在于现实，而只在自己如行云流水般飘渺的乡思中吗？这一句体现了诗人特有的朦胧性，怎么理解似乎都可以，怎么理解都给人一种真实而亲切的感受。
“归梦不宜秋”是直抒感慨，语似直切，实则含蓄。雨夜客居，残灯独坐，正是思乡梦回的“好”时候，为什么“不宜秋”呢？因为在诗人眼中，秋就是愁，秋风秋雨秋云秋水，无一不令诗人愁肠百结，在满目愁景的季节，在满怀愁绪的梦中，即使回到故乡，还不是一样愁苦？算了吧，不做归乡梦也罢！其实，这样的梦，在任何季节做都是“不宜”的。诗人在此说“不宜”，其实是“最宜”，有正话反说、不言神伤之妙。
全诗主旨为思乡。前两句谓客居长安因天雨而行动受阻，独对残灯忧愁不寐，思念故乡；后两句推进一层，谓故乡本是烟树晴岚、碧水萦回之地，可是正值秋雨绵绵之时，即使梦回故里，所见也是霪雨霏霏，故归梦也不宜当此风雨潇潇之秋也。
如果用知人论诗、以意逆志的方法来读这首《滞雨》，那么，“滞雨”是长期纠缠诗人的牛李两党的纷争与非议；“客愁”是诗人长期受到排挤压制，难以实现抱负理想、怀才不遇的愤懑，以及对自己前途命运的迷惘和忧虑；“故乡”是诗人心中理想的归宿，是才显志成的美好境界。“归梦不宜”是不应该轻易放弃和退却，而应该再坚持等下去，孤独愁苦之后，一定会有雨过天青的时候。“归梦不宜”意为“长安宜留”，在京城之内、天子身边，机会总比“云水”之地要多一些吧。这里理解，意思就完全两样了。所以也可以说《滞雨》是一首托雨言志、寄意深远的“咏物诗”。